Muzeul de Istorie Naturală al Teritoriului Universităţii din Pisa (Museo di Storia Naturale e del Territorio dell’Universita di Pisa) este un alt edificiu notabil găzduit de Mănăstirea Cartusiană din Pisa, un stabiliment numit şi Mănăstirea Cartusiană din Calci, în apropiere de Pisa ca atare. Acest muzeu este interesant atât în ceea ce priveşte istoria Mănăstirii Cartusiene, cât şi exponatele sale legate de istoria naturală însăşi. Astfel, Mănăstirea Cartusiană face referire la trecutul dificil al călugărilor cartusieni care, în virtutea împrejurărilor istorice, au fost obligaţi să îşi mute reşedinţa în Calci la începutul secolului al XV-lea, însă singurele elemente care amintesc de aceste momente sunt stilul baroc al stabilimentului şi fresca lui Bernardino Pocceti din refectoriul fostei mănăstiri şi care redă cina cea de taină.

Universitatea din Pisa a considerat că Mănăstirea Cartusiană era locul perfect pentru găzduirea Muzeului său de Istorie Naturală care, de altfel, începuse să se contureze din secolul al XVI-lea. Prin urmare, colecţia sa a fost mutată în Mănăstirea Cartusiană din Calci. Principalele elemente de major interes ale muzeului se referă la scheletele de cetacee pe care le expune şi care dau una dintre cele mai mari colecţii de acest fel din Europa.